-
Hak cipta Indah Fitriani desainwebsite.net
RAPD untuk mengetahui variasi genetik dari koleksi, misal:melon
- menggunakan polimorfisme
- karena dominant molekul marker: sulit untuk menjelaskan karakter dominan heterozigositas/homozigot karena ekspresinya sama semuanya resisten
- dominant: satu ada band, satu tidak ada band, sedangkan F1 ada dominant molekul marker bagus untuk single dominant gen ekspresion sulit untuk mengembangkan F2 jadi galur murni masalahnya mana P2 homozigot/heterozigot resistent
- untuk mendapatkan galur murni homozigot yang succeptible, band gennya tidak muncul
- Jika persilangan mengikuti hukum Mendel, untuk mengetahui mana yang homozigot/heterozigot dengan menggunakan perkawinan resiprok
- dominant molekul marker ini hanya bagus untuk 2 sifat yang nyata (ada/tidak, dominant/resesif) yang tidak tampak sifat dari alel heterozigot misal: hanya hitam dan putih diskrening untuk pola pewarisan menggunakan pewarisan fenotip
- Pola menggunakan skrening dengan test chi square yaitu untuk mengetahui pola salah satunya menggunakan konvensional breeding jika belum ada data gen yang dianalisis
- Pola ekspresi pewarisan dengan sampling yang banyak. Karena antara hasil yang diharapkan dan hasil observasi selalu ada bias, sehingga dapat diminimalisir.
- Jika sudah tahu pola terus mengidentifikasi gen itu letaknya dimana: cara menandai gen tersebut dengan molekuler marker
- Molekuler marker untuk mengetahui pautan dengan gen tersebut dengan mengetahui sifat polimorfik DNA polimorf/sifat berbeda-beda kemudian akan terekspresi fragmen DNA yang terpaut. Masing-masing terekspresi: Jika belum ada analisisnya, kita mengetahui dulu polimorfiknya dan ini sulit, jika kita sudah dapat polimorfisme maka kita sudah tahu sifatnya akan tampak.
- Ada marker positif dan negatif
- Jika monomorfik semua sifat sama: semua band keluar dan ini berarti tidak bisa digunakan untuk analisis genotip. Karena sifat semua sama, maka primer tidak tepat untuk mengekspresi gen ketahanan antara induk yang tahan dan induk yang tidak tahan, jadi mencari yang polimorfisme
- Untuk mengetahui gen/sifat diwariskan apa tidak?
harus diteliti segregasinya apakah marker itu terlalu jauh atau dekat
dengan gen inheritance (jika <1cM berarti inheritance)
- Polimorisme dapat menggunakan jumlah ulangan yang banyak (puluhan /ratusan) jika konsisten ada, berarti diwariskan maka masih diduga, perlu diconfirm dulu ini akan jadi kandidat yang bagus dengan ditambah ulangan, di F2 backcross untuk mengetahui konsisten atau tidak
- Untuk tahu polanya menggunakan deteksi F1 F2 dan backcross atau testcross
- Menggunakan RAPD maka ini masih random, jadi hasil fragmennnya banyak meski kita sudah tahu targetnya maka ada penemuan baru menggunakan yang lebih spesifik yaitu SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) pengembangan RAPD dan STS (Sequence Tagges Site) bukan pengembangan RAPD.
- Berbagai marka molekuler masing-masing memiliki beberapa kelebihan dan kelemahan untuk dijadikan sebagai metoda dalam kegiatan seleksi. Penggunaan PCR (Polymerase Chain Reaction) yang dilanjutkan dengan RAPD, RLFP, SNP atau SSR umumnya lebih sering digunakan. Keempat metoda ini lebih sederhana dibandingkan metoda lainnya dan pemakaiannya disesuaikan dengan tujuan daripada seleksi. Meskipun metoda seleksi konvensional masih tetap tidak bisa ditinggalkan begitu saja, namun adanya teknik marka molekuler ini dapat digunakan untuk melengkapi atau menyempurnakan program seleksi yang dilakukan untuk meningkatkan proporsi gen target dari populasi tanaman yang dihasilkan, tergantung biaya, tujuan, persyaratan yang dibutuhkan untuk melakukannya (Widodo, 2003).
F Direct sequence di PCR lagi dengan primer yang sama: pimer satu forward saja tapi kalau forward lama jadi ditembak forward dan reversenya
F Jadi disekuens beberapa kali kalau ini genomnya sudah diketahui kalau belum diketahui maka diklon
F Misal: klon pada E.coli yang disisipkan potongan target maka pada cawan Petri E.coli berwarna putih karena sukses memasukkan dalam plasmid, sedangkan yang tidak sukses memasukkan dalam plasmid berwarna biru. Digojok semalam berkembang biak banyak kemudian matikan dengan asam basa terbentuk pellet cek sekuen di PCR dulu, SCAR ini prinsipnya primer ditambahkan dari satu primer RAPD jadi jika RAPD ada 10 nukleotida jika SCAR ditambah minimal 10 nukleotida jadi minimal 20 nukeotida jadi SCAR ini akan sangat spesifik
- Dasar pemetaan gen adalah adanya rekombinan akibat pindah silang pada meiosis I
- Jadi jika pada populasi F2 resistent, jika di SCAR primer maka akan muncul semua fragment tapi dari 1-119 ada yang tidak berfragment ini berarti rekombinan akibat pindah silang.
- Begitu di cek di-succeptible, maka band muncul seharusnya ada semua
- Pada saat meiosis gen tahan tertentu ini dihitung untuk menentukan letak molekul marker dengan lokus dimana gen itu berada. Di hitung pake software: R=1 S=0, SPSS akan menunjukan peta lokus.
